Nach dem doch etwas überraschenden Aufstieg als Vierter der 2. Klasse in die neue 1. Klasse Nord B. Das Team des FC St. Margarethen kam weiter ohne Legionäre aus und wurde weiter von Johann Schneider trainiert. In der ersten erstklassigen Saison gab es neben heftigen Niederlagen, wie einem 2:8 in Rust einem 2:5 in Wimpassing und einem 1:4 in Donnerskirchen auch schöne Erfolge, wie ein 4:0 gegen Leithaprodersdorf oder auch ein 6:2 gegen Oslip. Zu einem Eklat kam es im Spiel gegen Oggau auf eigener Anlage. Am 12. Mai 1962 wurde dem FC beim Stand von 1:2 ein Elfmeter verweigert, so die Ansicht der Heimischen. Zuschauer stürmten den Platz und bestürmten den Schiedsrichter - Abbruch - strafverifiziert. Am Ende belegte der FC Platz 9 von 11 Vereinen. Die Reserve wurde Vierter

Auch 1962/63 konnte sich der FC im Mittelfeld etablieren. Auf der eigenen Anlage feierte man teilweise hohe Siege, wie etwa ein 6:1 gegen Purbach oder ein 5:1 gegen Zillingtal. Doch gerade die Heimanlage vor dem Zollhaus war nicht mehr zeitgemäß. Vor allem die fehlenden Kabinen und auch das, sagen wir holprige Spielfeld, sorgten dafür, dass sich der Verein entschloss, einen neuen Sportplatz zu bauen. Der Bau wurde aber erst zur neuen Saison in Angriff genommen, im November 1963. In der Saison 1962/63 wurde der Verein Sechster, die Reserve Dritter.

1963/64 wurde mit dem Trausdorfer Robert Grasich erstmals ein "Legionär" verpflichtet. Er fungierte als Spielertrainer. Höhepunkt der Saison war ein Freundschaftsspiel, in dem der Landesligaverein ASK Steinbrunn mit 7:4 besiegt wurde. Ansonsten bestätigte der FC seine Rolle als Mittelständler und wurde  Fünfter, die Reservemannschaft verpasste knapp den Meistertitel und wurde Zweiter.

1964/65 übernahm Seopp Rieder die Mannschaft und wieder war der Höhepunkt der Saison ein Vorbereitungsspiel: der Landesligaverein FC andau wurde 3:2 besiegt. In der Meisterschaft hingegen enttäuschte der Verein und wurde nur Siebenter unter neun Vereinen. In 16 Spielen gelangen nur 4 Siege. Bemerkenswertz war aber das 7:6 gegen Schützen im Derby, bis heute das Spiel mit den meisten Toren in einem Spiel des Vereins. Die Reserve spielte weiter vorne mit und wurde diesmal Dritter.

In den folgenden beiden Saisonen  etablierte sich der FC in der Spitzengruppe, sowohl 1965/66 als auch 1966/67 wurde der FC Sankt Margarethen Dritter. Fehlten in der  Saison 1965/66 noch 11 Punkte auf den Titel, waren es 1966/67 nur noch deren 5. Der FC entwickelte sich zu einer richtigen Tormaschine. 8:0 gegen Zilligtal und Mörbisch, 6:4 gegen Klingenbach, 6:5 gegen Leithaprodersdorf - für die Zuschauer war da viel zu sehen. Auch in der Saison 1966/67 wurd wild drauf los geschossen: 6:0 und 6:1 gegen Trausdorf, 7:1 und 10:0 gegen Schützen, am Ende erzielte der FC 72 Tore Rekord!! und das in nur 20 Spielen. Im August 1966 wurde endlich auch der neue Sportplatz am "Greaboch" eröffnet. Die Reserve wurde in der Saison 1966/67 wieder Vizemeister.

In der Saison 1967/68 wurden die beiden ersten Klassen zur 1. Klasse Nord zusammengefasst, erstmals in seiner Geschichte traf der FC auf Mannschaften aus einem anderen Bezirk (Neusiedl). Zu Beginn zahlte man unter dem neuen Trainer Stefan Kolonovits Lehrgeld - gegen die "Seewinkler" setzte es Niederlagen, am Ende platzierte sich der Verein auf dem doch enttäuschenden 5. Platz unter 10 Vereinen. Der Abgang der beiden Stützen Ewald Schuster (zu Rohrbach) und Johann Miehl (zum SC Eisenstadt) hatte sich doch bemerkbar gemacht.

1968/69 war alles anders und vor allem erfolgreicher: Der Siegendorfer Stefan Zeichmann konnte als Spielertrainer für den FC ghewonnen werden. Er kam vom Regionalligaverein Mattersburg. Der oftmalige Burgenlandauswahlspieler führte den FC zu seinem ersten Meistertitel, auch weil Ewald Schuster und Johann Miehl zurück kamen. St. Margarethen kam schwer in die Gänge, verlor zum Auftakt in Illmitz (3:4) und gegen ASV Frauenkirchen (1:2). Herausragendes Ergebnis war das 9:0 in Podersdorf zu dem Willi Mayer 6 Treffer beisteuerte.